Bedankt voor uw aanvraag! Een van onze medewerkers neemt binnenkort contact met u op
Bedankt voor uw boeking! Een van onze medewerkers neemt binnenkort contact met u op.
Cursusaanbod
I. Inleiding en inleidende maatregelen
1. Overzicht
- R vriendelijker, R en beschikbare GUI's maken
- Rstudio
- Gerelateerde software en documentatie
- R en statistiek
- R interactief gebruiken
- Een kennismakingssessie
- Hulp bij functies en kenmerken
- R-commando's, hoofdlettergevoeligheid, enz.
- Oproepen en corrigeren van eerdere commando's
- Opdrachten uitvoeren van of uitvoer omleiden naar een bestand
- Permanente gegevens en het verwijderen van objecten
- Good programmeerpraktijk: Zelfstandige scripts, goede leesbaarheid bijv. gestructureerde scripts, documentatie, markdown
- het installeren van pakketten; CRAN en Biodirigent
2. Gegevens uitlezen
- Txt-bestanden (read.delim)
- CSV-bestanden
3. Eenvoudige manipulaties; getallen en vectoren + matrices
- Vectoren en toewijzing
- Vector rekenkunde
- Regelmatige sequenties genereren
- Logische vectoren
- Ontbrekende waarden
- Karakter vectoren
- Index vectoren; Subsets van een dataset selecteren en wijzigen
- Arrays
- Array indexering. Subsecties van een matrix
- Index matrices
- De array() functie + eenvoudige bewerkingen op arrays zoals vermenigvuldiging, transpositie
- Andere soorten objecten
4. Lijsten en dataframes
- Lijsten
- Lijsten samenstellen en wijzigen
- Lijsten samenvoegen
- Gegevensframes
- Het maken van dataframes
- Werken met dataframes
- Willekeurige lijsten bijvoegen
- Het zoekpad beheren
5. Manipulatie van gegevens
- Waarnemingen en variabelen selecteren, subsetten
- Filteren, groeperen
- Hercoderen, transformaties
- Aggregatie, combineren van datasets
- Vormen van gepartitioneerde matrices, cbind() en rbind()
- De aaneenschakelingsfunctie, (), met matrices
- Karaktermanipulatie, stringr-pakket
- Korte introductie in Grep en Regexpr
6. Meer over het uitlezen van gegevens
- XLS- en XLSX-bestanden
- Readr- en ReadXL-pakketten
- SPSS, SAS, Stata,... en andere formaten gegevens
- Gegevens exporteren naar txt, csv en andere formaten
6. Groeperen, lussen en voorwaardelijke uitvoering
- Gegroepeerde expressies
- Controle verklaringen
- Voorwaardelijke uitvoering: indien verklaringen
- Repetitieve uitvoering: voor loops, herhalen en while
- Inleiding tot Toepassen, Toepassen, Toepassen, Toepassen
7. Functies
- Functies aanmaken
- Optionele argumenten en standaardwaarden
- Variabel aantal argumenten
- Toepassingsgebied en de gevolgen ervan
8. Eenvoudige afbeeldingen in R
- Een grafiek maken
- Dichtheid percelen
- Puntdiagrammen
- Bar Percelen
- Lijn diagrammen
- Cirkeldiagrammen
- Boxplots
- Spreidingsdiagrammen
- Percelen combineren
II. Statistische analyse in R
1. Kansverdelingen
- R als een verzameling statistische tabellen
- Onderzoek naar de verdeling van een set gegevens
2. Testen van hypothesen
- Tests over een populatiegemiddelde
- Test van de waarschijnlijkheidsverhouding
- Tests met één en twee monsters
- Chi-kwadraat Goodness-of-fit-test
- Kolmogorov-Smirnov Statistiek met één steekproef
- Wilcoxon Signed-Rank Test
- Test met twee monsters
- Wilcoxon Rank Sum-test
- Mann-Whitney-test
- Kolmogorov-Smirnov-test
3. Meervoudig testen van hypothesen
- Type I-fout en FDR
- ROC-curves en AUC
- Meerdere testprocedures (BH, Bonferroni enz.)
4. Lineaire regressiemodellen
- Algemene functies voor het extraheren van modelinformatie
- Aangepaste modellen bijwerken
- Gegeneraliseerde lineaire modellen
- Gezinnen
- De glm() functie
- Classificatie
- Logistieke regressie
- Lineaire discriminant analyse
- Leren zonder toezicht
- Analyse van de belangrijkste componenten
- Clusteringmethoden (k-gemiddelden, hiërarchische clustering, k-medoids)
5. Overlevingsanalyse (overlevingspakket)
- Overlevingsobjecten in r
- Kaplan-Meier-schatting, log-rank-test, parametrische regressie
- Zelfvertrouwen bandjes
- Gecensureerde (interval gecensureerde) data-analyse
- Cox PH-modellen, constante covariabelen
- Cox PH-modellen, tijdsafhankelijke covariabelen
- Simulatie: Modelvergelijking (Regressiemodellen vergelijken)
6. Analyse van de variantie
- Enkele reis ANOVA
- Tweerichtingsclassificatie van ANOVA
- MANOVA
III. Uitgewerkte problemen in de bio-informatica
- Korte introductie tot het limma-pakket
- Workflow voor microarray-gegevensanalyse
- Gegevens downloaden van GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Gegevensverwerking (QC, normalisatie, differentiële expressie)
- Vulkaan plot
- Custering voorbeelden + heatmaps
28 Uren
Getuigenissen (5)
Het was informatief en nuttig
Brenton - Lotterywest
Cursus - Building Web Applications in R with Shiny
Automatisch vertaald
De betrokkenheid van de instructrice, goede voorbereiding van het onderwerp.
Bruno Scibilia - Lesaffre International
Cursus - Advanced R Programming
Automatisch vertaald
Dag 1 en Dag 2 waren voor mij echt eenvoudig en ik heb die ervaring erg genoten.
Mareca Sithole - Africa Health Research Institute
Cursus - R Fundamentals
Automatisch vertaald
De tempo was perfect en de ontspannen sfeer zorgde ervoor dat kandidaten zich op hun gemak voelden om vragen te stellen.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Cursus - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Automatisch vertaald
de zaak werd goed en ordelijk gepresenteerd.
Marylin Houle - Ivanhoe Cambridge
Cursus - Introduction to R with Time Series Analysis
Automatisch vertaald
