Formation Séquençage et Tests Génétiques

Il s'agit d'un atelier pratique qui introduira les bases de la bioinformatique. Il est destiné aux personnes ayant une formation biologique de base et des connaissances en biologie moléculaire, qui souhaitent apprendre à traiter et à travailler avec des données biologiques à l'aide d'outils informatiques. Il a été spécialement conçu pour :

• Les chercheurs travaillant dans des laboratoires expérimentaux sur les macromolécules biologiques, les protéines, les ARN et les ADN.
• Les scientifiques dont le domaine principal d'expertise n'est pas la biologie, mais qui doivent traiter des données biologiques.
• Les managers introduisant de nouveaux produits (par exemple, des médicaments), qui souhaitent élargir leurs connaissances en bioinformatique moderne.
• Les programmeurs informatiques qui vont écrire des programmes traitant des molécules biologiques.

Le cours est divisé en deux parties : théorique et pratique. La leçon est entrelacée avec des exercices pratiques simples, des quiz et des tests pour s'assurer que les participants comprennent les concepts.

Au cours de la formation, nous vous guiderons à travers un tour qui couvre tous les aspects de base de l'analyse des données biologiques. Cet atelier est une opportunité idéale pour se familiariser avec la bioinformatique et ses nombreuses facettes ! À la fin, vous devriez être capable de résoudre tout problème de bioinformatique de base : vous saurez où obtenir les données nécessaires, comment obtenir des informations pertinentes et comment fonctionnent les logiciels et algorithmes de base. Notre objectif est de faciliter votre compréhension des données biologiques.

À la fin du cours, vous serez capable de travailler avec des données biologiques à l'aide d'outils de bioinformatique.

La Bonne Pratique Clinique (BPC) est un ensemble de directives pour la recherche clinique réalisée sur des sujets humains. La BPC sert de norme internationale pour la conception, la conduite, le suivi, la documentation, l'analyse et le rapport des essais cliniques.

Dans cette formation dirigée par un instructeur et en direct, les participants apprendront les directives les plus importantes et les principes fondamentaux appliqués dans la Bonne Pratique Clinique (BPC) pour les essais cliniques et les recherches impliquant des sujets humains. Ce cours fournit un aperçu des différentes zones de la BPC, mais accorde une attention légèrement plus particulière à la BPC centrée sur l'ICH pour les Médicaments et les Biologiques à l'étude.

À la fin de cette formation, les participants seront capables de :

• Comprendre les principes fondamentaux de la BPC pour les médicaments et les biologiques à l'étude tels que définis par la Conférence internationale sur l'harmonisation (ICH)
• Appliquer les directives stipulées par la BPC à leurs recherches et essais cliniques

Public cible

• Investigateurs cliniques
• Professionnels de la recherche clinique
• Professionnels de la santé et du domaine médical
• Personnel de soutien aux essais cliniques
• Personnel de recherche et développement

Format du cours

• Partie conférence, partie discussion, exercices et pratique intensive

La génomique microbienne et la métagénomique combinent les technologies de séquençage et l'analyse computationnelle pour profiler des communautés microbiennes, caractériser des génomes et détecter des traits fonctionnels tels que la résistance aux antibiotiques.

Cette formation dirigée par un formateur (en ligne ou sur site) est destinée à des chercheurs et bioinformaticiens de niveau débutant à intermédiaire souhaitant effectuer une analyse pratique de données de séquençage en génomique microbienne et métagénomique.

À la fin de cette formation, les participants seront capables de :

• Décrire les flux de travail de séquençage courants et les principaux formats de fichiers utilisés en génomique microbienne.
• Effectuer un contrôle qualité et un prétraitement des lectures NGS brutes.
• Réaliser un profil taxonomique en utilisant les approches basées sur des marqueurs et les k-mers.
• Assembler et annoter des génomes et plasmides microbiens.
• Détecter des SNP, construire des phylogénies et interpréter la structure de population.
• Prédire les gènes de résistance aux antimicrobiens et résumer les profils fonctionnels.
• Utiliser des flux de travail reproductibles avec Conda, Docker et des rapports basés sur des notebooks.

Format du Cours

• Conférences introduisant les concepts et outils (20%).
• Sessions pratiques avec des jeux de données d'exemple (60%).
• Discussions ouvertes et analyses guidées pour que les participants puissent appliquer les méthodes à leurs propres données (20%).

Options de Personnalisation du Cours

• Pour demander un atelier personnalisé axé sur la métagénomique clinique, environnementale ou industrielle, veuillez nous contacter pour organiser.

Cette formation en direct avec instructeur en <loc&gt ; (en ligne ou sur site) s'adresse aux scientifiques et à toute personne intéressée par les bases de la nanoscience et ses applications.

A l'issue de cette formation, les participants seront capables de :

• Comprendre le domaine des nanosciences et des nanotechnologies.
• Différencier ce qui est de l'ordre du nano de ce qui est de l'ordre du micro.
• Connaître la théorie fondamentale du transfert d'électrons et d'énergie.

Il s'agit d'un cours pratique qui montre pourquoi la programmation est un outil puissant dans le contexte de la résolution de problèmes biologiques. Pendant le cours, les participants apprendront le langage de programmation Python, un langage largement considéré comme puissant et facile à utiliser. Ce cours peut être considéré comme une démonstration de la façon dont la bio-informatique améliore la vie des biologistes.

Le cours est conçu et destiné aux personnes qui n'ont pas de formation en informatique et qui souhaitent apprendre à programmer.

Ce cours s'adresse à

• Les chercheurs qui traitent des données biologiques.
• Les scientifiques qui souhaitent apprendre à automatiser les tâches quotidiennes et à analyser les données.
• Les gestionnaires qui souhaitent apprendre comment la programmation améliore les flux de travail et la conduite de projets.

À la fin du cours, les participants seront capables d'écrire de courts programmes qui leur permettront de manipuler, d'analyser et de traiter des données biologiques et de présenter les résultats sous forme de graphiques.

Ce cours vise à donner aux chercheurs une compréhension des principes de la conception et de l'analyse statistique, ainsi que leur pertinence pour les recherches dans divers domaines scientifiques.

Il couvre certains aspects de la probabilité et des méthodes statistiques, principalement par le biais d'exemples. Cette formation comprend environ 30% de cours magistraux, 70% de quiz guidés et d'ateliers pratiques.

Dans le cas d'un cours fermé, nous pouvons adapter les exemples et les matériels à une branche spécifique (comme les tests psychologiques, le secteur public, la biologie, la génétique, etc...).

Pour les cours ouverts au public, des exemples mixtes sont utilisés.

Bien que divers logiciels soient utilisés pendant ce cours (Microsoft Excel jusqu'à SPSS, Statgraphics, etc...), son principal objectif est de comprendre les principes et les processus qui guident la recherche, le raisonnement et les conclusions.

Ce cours peut être livré en blended learning, c'est-à-dire avec des devoirs et des assignments.