Formation Fidji : Traitement d'images pour la biotechnologie et la toxicologie

Introduction à Fiji et ImageJ

• Aperçu de Fiji et de ses applications dans la recherche scientifique
• Compréhension de l'architecture et des plugins d'ImageJ
• Installation et configuration de Fiji pour des performances optimales

Techniques de base de traitement d'images

• Acquisition d'images et formats d'importation
• Ajustement du contraste et de la luminosité, application de filtres
• Empilement d'images et méthodes de projection

Analyse avancée d'images

• Techniques de segmentation : seuillage et détection des contours
• Comptage d'objets et analyse particulaire sur des échantillons histologiques
• Mesure de surfaces, périmètres et autres caractéristiques morphologiques

Travail avec des échantillons biologiques

• Traitement d'images de tissus histologiques, de cellules sanguines et d'algues
• Déconvolution colorimétrique et analyse de tissus colorés
• Analyse en time-lapse et suivi du mouvement cellulaire

Automatisation et personnalisation

• Création et exécution de macros pour les tâches répétitives
• Utilisation des plugins Fiji pour des analyses spécialisées
• Scripting de base avec le langage de macro ImageJ (IJM)

Gestion des données et rapports

• Exportation des résultats et génération de rapports
• Annotation des images et préparation des données pour publication
• Bonnes pratiques pour une analyse d'images reproductible

Résumé et prochaines étapes