Formation Fiji : Traitement d'images pour la biotechnologie et la toxicologie

Introduction à Fiji et ImageJ

• Aperçu de Fiji et de ses applications en recherche scientifique
• Comprendre l'architecture d'ImageJ et ses plug-ins
• Installer et configurer Fiji pour une performance optimale

Techniques de base de traitement d'images

• Acquisition d'images et formats d'importation
• Ajustement du contraste, de la luminosité et application de filtres
• Empilement d'images et méthodes de projection

Analyse avancée d'images

• Techniques de segmentation : seuillage et détection de bords
• Comptage d'objets et analyse de particules dans les échantillons histologiques
• Mesure des surfaces, des périmètres et d'autres caractéristiques morphologiques

Travail avec des échantillons biologiques

• Traitement d'images de tissus histologiques, de globules rouges et d'algues
• Déconvolution de couleurs et analyse des tissus colorés
• Analyse en temps réel et suivi du mouvement cellulaire

Automatisation et personnalisation

• Création et exécution de macros pour les tâches répétitives
• Utilisation des plug-ins de Fiji pour des analyses spécialisées
• Scripting de base avec le langage de macros d'ImageJ (IJM)

Gestion des données et rapports

• Exportation des résultats et génération de rapports
• Annotation d'images et préparation des données pour publication
• Meilleures pratiques pour une analyse d'images reproductible