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Plan du cours
Introduction à Fiji et ImageJ
- Aperçu de Fiji et de ses applications en recherche scientifique
- Comprendre l'architecture d'ImageJ et ses plugins
- Installation et configuration de Fiji pour une performance optimale
Techniques de base de traitement d'images
- Acquisition et formats d'importation d'images
- Ajustement du contraste, de la luminosité et application de filtres
- Empilement et méthodes de projection d'images
Analyse avancée d'images
- Techniques de segmentation : seuillage et détection des contours
- Comptage d'objets et analyse de particules dans les échantillons histologiques
- Mesure d'aires, de périmètres et autres caractéristiques morphologiques
Travail avec des échantillons biologiques
- Traitement d'images de tissus histologiques, de cellules sanguines et d'algues
- Déconvolution de couleur et analyse de tissus colorés
- Analyse temporelle et suivi du mouvement cellulaire
Automatisation et personnalisation
- Création et exécution de macros pour les tâches répétitives
- Utilisation des plugins de Fiji pour des analyses spécialisées
- Scripting de base avec le langage Macro d'ImageJ (IJM)
Gestion et reporting des données
- Exportation des résultats et génération de rapports
- Annotation d'images et préparation des données pour publication
- Bonnes pratiques pour une analyse d'images reproductible
Résumé et prochaines étapes
Pré requis
- Compréhension de base des concepts d'imagerie biologique
- Familiarité avec la microscopie et les techniques histologiques
- Compétences de base en informatique
Public cible
- Chercheurs en biotechnologie et toxicologie environnementale
- Techniciens de laboratoire travaillant avec l'imagerie histologique et cellulaire
- Scientifiques intéressés par l'analyse quantitative d'images
14 Heures
