Course Outline
I. Inleiding en voorbereidingen
1. Overzicht
- R gebruiksvriendelijker maken, R en beschikbare GUI's Rstudio Gerelateerde software en documentatie R en statistieken R en statistieken R interactief gebruiken Een inleidende sessie Hulp krijgen bij functies en mogelijkheden R-opdrachten, hoofdlettergevoeligheid, etc. Terugroepen en corrigeren van eerdere opdrachten Uitvoeren van opdrachten van of omleiden van uitvoer naar een bestand Gegevensbestendigheid en het verwijderen van objecten Good programmeerpraktijk: op zichzelf staande scripts, goede leesbaarheid, bijv. gestructureerde scripts, documentatie, markdown-installatiepakketten; CRAN en biogeleider
2. Gegevens lezen
- Txt-bestanden (read.delim) CSV-bestanden
3. Eenvoudige manipulaties; getallen en vectoren + arrays
- Vectoren en toewijzing Vectorrekenkunde Regelmatige reeksen genereren Logische vectoren Ontbrekende waarden Karaktervectoren Indexvectoren; het selecteren en wijzigen van subsets van een dataset Arrays
Lijsten Lijsten samenstellen en wijzigen Lijsten aaneenschakelen
- Dataframes Het maken van dataframes
6. Meer over het lezen van gegevens
- XLS, XLSX bestanden readr en readxl pakketten SPSS, SAS, Stata,… en andere formaten data Exporteren van data naar txt, csv en andere formaten
6. Groepering, lussen en voorwaardelijke uitvoering
- Gegroepeerde expressies Controle-instructies Voorwaardelijke uitvoering: if-instructies Herhaalde uitvoering: voor loops, repeat en while intro in apply, lapply, sapply, tapply
7. Functies
- Functies maken Optionele argumenten en standaardwaarden Variabel aantal argumenten Reikwijdte en de gevolgen ervan
8. Eenvoudige afbeeldingen in R
- Een grafiek maken Dichtheidsgrafieken Puntgrafieken Staafdiagrammen Lijndiagrammen Cirkeldiagrammen Boxplots Spreidingsdiagrammen Combinatiediagrammen
II. Statistische analyse in R
- 1. Kansverdelingen
R als een set statistische tabellen Onderzoek naar de distributie van een set gegevens
2. Testen van hypothesen
- Tests over een populatie Mean Likelihood Ratio Test Tests met één en twee steekproeven Chi-Square Goodness-of-Fit-test Kolmogorov-Smirnov Statistiek met één steekproef Wilcoxon Signed-Rank Test Test met twee steekproeven Wilcoxon Rank Sum-test Mann-Whitney Test Kolmogorov-Smirnov-test
3. Meerdere testen van hypothesen
- Type I-fout en FDR ROC-curven en AUC Meerdere testprocedures (BH, Bonferroni etc.)
4. Lineaire regressiemodellen
- Generieke functies voor het extraheren van modelinformatie Het bijwerken van aangepaste modellen Gegeneraliseerde lineaire modellen Families De glm()-functie
Classificatie Logistieke Regressie
- Lineaire discriminantanalyse
III. Gewerkte problemen in de bio-informatica
- Korte introductie tot limma-pakket Microarray data-analyse workflow Data downloaden van GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 Dataverwerking (QC, normalisatie, differentiële expressie) Vulkaanplot Custering-voorbeelden + heatmaps
Getuigenissen (8)
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Cursus - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
De inhoud, want ik vond het erg interessant en denk dat het me zou helpen in mijn laatste jaar aan de universiteit.
Krishan - NBrown Group
Cursus - From Data to Decision with Big Data and Predictive Analytics
Machine Translated
very tailored to needs
Yashan Wang
Cursus - Data Mining with R
how the trainor shows his knowledge in the subject he's teachign
john ernesto ii fernandez - Philippine AXA Life Insurance Corporation
Cursus - Data Vault: Building a Scalable Data Warehouse
Good real world examples, reviews of existing reports
Ronald Parrish
Cursus - Data Visualization
The trainer was so knowledgeable and included areas I was interested in
Mohamed Salama
Cursus - Data Mining & Machine Learning with R
Intensity, Training materials and expertise, Clarity, Excellent communication with Alessandra
Marija Hornis Dmitrovic - Marija Hornis
Cursus - Data Science for Big Data Analytics
Ik voel me nu zelfverzekerder met coderen. Ik heb het nog nooit eerder gedaan, maar nu begrijp ik dat het geen rocket science is en dat ik het kan doen als het nodig is.
Anna - Birmingham City University
Cursus - Foundation R
Machine Translated