Inleiding tot Microbieel Genomics & Metagenomics Training Cursus

Inleiding tot Microbiele Genomics

• Overzicht van microbiele genomics en metagenomics
• Sequencingtechnologieën en typische studieontwerpen
• Belangrijke bestandformaten en gegevensorganisatie

Kwaliteitscontrole en Voorbewerking

• Leesgegevensbeoordeling en trimming
• Gastverwijdering en controle op besmetting
• Leesnormalisatie en overwegingen voor verder gebruik

Taxonomische Profileringsbenaderingen

• Markergebaseerde profilering met MetaPhlAn
• K-mer en classificatiemethoden met Kraken2 en Bracken
• Vergelijking van profileringsuitgangen en visualisatie

Metagenoom Assembleer- en Binning (overzicht)

• Assembleerstategieën en het gebruik van SPAdes
• Concepten van contig binning en veelvoorkomende gereedschappen (kort)
• Beoordeling van de kwaliteit en volledigheid van de assemblee

Genoomannotatie en MLST

• Genomen annoteren met Prokka
• MLST uitvoeren en sequentietypen interpreteren
• Rapporten opstellen voor het delen van resultaten

SNP Calling en Fylogenetica

• Mappinggebaseerde SNP calling workflows met Snippy
• Fylogenetische bomen bouwen met IQ-TREE
• Boomvisualisatie en interpretatie met iTOL

Antimicrobiële Resistentie en Functioneel Profileren

• AMR-gegendetectie met AMRFinderPlus, CARD, en ResFinder
• Functioneel profileren en wegsummariëring
• Resistentie en functionele annotaties rapporteren

Herhaalbare Workflows en Beste Praktijken

• Conda, Docker en pipeline-sjablonen gebruiken voor herhaalbaarheid
• Gegevensbeheer, metagegevensstandaarden en FAIR-principes
• Analyse schalen met cloudbronnen en notities

Casusstudies en Hands-on Labs

• 16S/18S amplicon-analyse van ruwe lezingen tot taxonomische tabel
• Metagenomisch profileren en vergelijkende analyse over monsters
• Genoomassembleer-, annotatie-, SNP-fylogenie- en AMR-rapportage

Samenvatting en Volgende Stappen